linuxでのディレクトリ指定に置いて、「~」(チルダ)はユーザーディレクトリを示します。例えば
cd ~
とするとどこのディレクトリにいても、現在ログインしているユーザーのユーザーディレクトリに移動します。 (今回のAWS cloud9ではec2-userというユーザーのユーザーディレクトリに移動します。pwdで確認してみましょう。)